第二，在国家知识产权局发出发明专利申请进人实质审查阶段的通知书后的三个月内提出。依据专利法的规定，申请人在自申请日起三年内的任何时候都可以提出实质审查请求。如果申请人提出实质审查请求的时间较早，或者在提出专利申请的同时就提交了实质审查请求，则难于或者不可能利用上面所述的主动修改机会进行修改。为保证申请人能够行使其主动修改的权利，有利于审查工作的顺利进行，专利法实施条例规定，申请人可以在国家知识产权局发出发明专利申请进入实质审查阶段的通知书后的三个月内提出主动修改。
　　除了上述两个进行主动修改的时间以外，发明专利申请人不能主动对其申请进行修改。
　　对实用新型专利申请而言，因为不进行实质审查，仅经过初步审查合格后即授予专利权，其审查期间较短。因此，申请人需要主动修改其申请文件的，应当尽快进行，即在自申请日起两个月内提出，否则就会错过时机。
　　（2）被动修改
　　国家知识产权局负有对专利申请进行审查的责任。经过审查，国家知识产权局经常会发现专利申请中存在不符合专利法及其实施条例规定的缺陷，不克服这些缺陷就不能授予专利权。在这样的情况下，国家知识产权局将发出补正通知书或者审查意见通知书，要求申请人对其申请文件进行修改。这样的修改就是申请人的被动修改。主动修改和被动修改之间的区别点在于：主动修改完全按照申请人的意愿进行；而被动修改不能随意进行，应当针对通知书的要求进行。当然，无论是主动修改还是被动修改，都必须遵循修改的基本原则，即不得超出原说明书和权利要求书记载的范围。