为诊断和治疗疾病而使用的药品和其他化学物质，在1992年第一次修改专利法后，已经可以获得产品专利。然而，对于第一次医药用途发明和第二次医药用途发明来说，可以获得何种类型的专利保护，是一个值得讨论的问题。传统的观点认为，如果一种物质是已知的，则自然已经丧失新颖性，发现该物质具有新的医疗、诊断用途，并不能使它成为新的物质，因而不能再对该物质本身授予产品专利。欧洲专利公约在这方面有所突破，其第54条（5）规定，新颖性的规定不应排除任何用于诊断治疗疾病的已知物质或者组合物的专利性，其条件是该种已知物质或者组合物在申请日之前没有用于任何疾病的诊断治疗方法。这表明，第一次医药用途发明在欧洲能够获得产品专利的保护。第二次医药用途发明不能再获得产品专利的保护，但是如果按照其性质，将其权利要求撰写为“物质×用于治疗疾病Y”，则直接违背了欧洲专利公约中关于疾病诊断治疗方法不能授予专利权的规定。为此，欧洲创造了“用物质×制备治疗疾病Y的药品的应用”的权利要求撰写方式，巧妙地解决了这一难题。事实上，第二次医药用途发明一般并不涉及药品的制造方法，撰写成制备方法权利要求是一种技巧，它克服了上述难题，为第二次医药用途发明提供了有效的专利保护。我国专利法中没有类似于欧洲专利公约第54条（5）那样的规定，因此目前对第一次医药用途发明和第二次医药用途发明都必须采用药品制备方法的权利要求撰写方式。