其次，谈谈商业经营方法是否可以授予专利权的问题。按照传统理论，商业经营方法是经商、交易、作生意的策略，不属于专利法意义下的发明创造的范畴，因此不能授予专利权。需要指出的是，一种观点认为商业经营方法属于智力活动规则方法的范畴，这是不正确的。以欧洲专利公约为例，它将商业经营方法和智力活动规则方法并列为不能授予专利权的内容，这表明两者不能彼此覆盖。过去，人们较为一致地认为商业经营方法不能被授予专利权。随着计算机技术、网络技术的发展和电子商务的出现，这种传统的理论受到了挑战。近年来，美国有关法院作出的一些判决认为“商业经营方法”本身并不构成单独一类授予专利权的条件。换句话说，不能仅仅依据认定一项申请的内容是一种商业经营方法，就得出该申请不能授予专利权的结论。这类申请的内容常常涉及计算机的应用，包含数学计算方法，因此常常和上面所说的问题混在一起。美国法院认为，如果认定要求保护的内容涉及一种抽象的数学方法，不能授予专利权，就应当明确以此作为理由予以驳回，不需要单独引人商业经营方法的概念。上述判决对许多国家产生了影响，一些国家开始仿效美国的作法。然而，各国舆论，包括美国国内舆论在内，对此看法并不一致。美国有许多人支持其法院判决的观点，但是也有许多人提出了强烈的批评意见，有些人甚至要求在美国专利法中明确增加写入“商业经营方法不能授予专利权”的规定（美国专利法中对此没有明确规定），以迫使美国法院改变其观点。
　　值得注意的是，在我国专利法第二十五条所规定的不能授予专利权的内容中，既没有提及计算机程序，也没有提及商业经营方法。这使我国专利法在这两个问题上具有采取较为灵活作法的余地，完全可以根据科学技术的发展和我国具体国情的需要来决定我国的立场。随着专利法和专利法实施条例的第二次修改，国家知识产权局也将对审查指南中的有关规定进行修改调整。