然而，上述做法也带来了一些争议。
　　一个争议是国家知识产权局采取的上述做法是否符合原《专利法实施细则》第十三条第一款的规定。一种观点认为，“同样的发明创造只能被授予一项专利”，可以理解为对同样的发明创造不能有两项专利权同时存在，依照该理解，国家知识产权局采取的上述做法没有违背原《专利法实施细则》该款的规定；另一种观点则认为，“同样的发明创造只能被授予一项专利”，应当理解为对同样的发明创造不能被两次授予专利权，即使它们并非同时存在也依然如此，依照该理解，国家知识产权局采取的上述做法不符合《专利法实施条例》的该款规定。严格依据条文的文字含义，应当承认后一观点更有道理。
　　另一个争议是国家知识产权局采取的上述做法有可能导致一些不合理的现象。例如，在同一申请人先提交实用新型专利申请，后提交发明专利申请的情况下，先授予的实用新型专利权已经为该申请人提供了数年保护，后授予的发明专利权还能为该专利权人提供自发明专利申请日起20年的保护，其总共获得专利保护的期间就会超过仅仅提出发明专利申请的申请人获得专利保护的期间，这对其他专利权人来说有失公平。又例如，现实中出现过这样的情况，即在随后又获得发明专利权之前，该专利权人已经放弃了其在先获得的实用新型专利权，或者其实用新型专利权已经届满失效，此时不知道底细的公众有理由认为原来受实用新型专利权保护的技术已经进入公有领域，任何人都可以自由实施，却不料该专利权人后来又获得了一项发明专利权，其实施行为有可能被指控为侵犯发明专利权的行为，这对公众来说有失公平。