单位可以扣发职工被拘留审查期间的工资。用人单位向劳动者支付报酬的前提是劳动者提供劳动，在劳动者被拘留期间显然不能向单位提供劳动，所以单位扣发工资是合理的。而且法律有明确规定，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行，即使后来证明该劳动者是被错误拘留的，劳动者被扣发工资的损失也应该由国家赔偿，用人单位不承担责任。
　　相关法律可参考：
　　《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第28条 劳动者涉嫌违法犯罪被公安机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。
　　暂时停止履行劳动合同期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务。劳动者经证明被错误限制人身自由的，暂时停止履行劳动合同期间劳动者的损失，可由其依据《国家赔偿法》要求有关部门赔偿。
　　29、劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可依据劳动法第二十五条解除劳动合同。
　　“被依法追究刑事责任”是指：被人民检察院免予起诉的、被人民法院判处刑罚的、被人民法院依据刑法第三十二条免予刑事处分的。
　　劳动者被人民法院判处拘役、三年以下有期徒刑缓刑的，用人单位可以解除劳动合同。