为妥善解决原STAQ、NET系统挂牌公司股份流通问题，2001年6月，经中国证监会批准，中国证券业协会主办设立了代办股份转让系统，2002年8月起，退市公司纳入代办股份转让系统。

2006年经国务院批准，在证券公司代办股份转让系统基础上，正式启动中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让系统，进行股份报价转让试点。

在中关村科技园区非上市股份有限公司股份报价转让试点基础上，为更好的服务于实体经济，促进经济发展方式转型和产业结构升级，经国务院批准，按照“总体规划、稳步推进、稳妥实施”的原则，证监会于2012年5月正式开始筹备全国性场外市场，2012年7月，国务院批准设立全国中小企业股份转让系统，2012年9月在国家工商总局正式完成登记注册，2013年1月，全国中小企业股份转让系统正式揭牌。

2012年9月7日，来自北京中关村、上海张江、武汉东湖、天津滨海四个高新园区的首批8家企业集体挂牌，进入全国股份转让系统进行股份报价转让。自此，全国股份转让系统作为我国多层次资本市场体系重要组成部分，开始吸引地方政府、高新园区、高新技术企业和投资者越来越多的关注。